Podstawowym celem szkoły jest kształcenie i wychowywanie uczniów w oparciu o zasadę personalizmu chrześcijańskiego – do odpowiedzialności za siebie i za innych oraz za dobro wspólne w życiu rodzinnym i społecznym. Szkoła – wspierając rodziców w wychowaniu ich dzieci – pomaga uczniom przejmować odpowiedzialność za własne życie i dalszy rozwój osobowy, w tym kształcenie; wspomaga w rozwoju uczniów zdolnych oraz uczniów potrzebujących większej pomocy.
Podstawę działalności szkoły stanowią zasady i wartości chrześcijańskie głoszone przez Kościół Katolicki. Zasady i wartości chrześcijańskie mają być podstawą procesu wychowawczego opisanego szczegółowo w programie wychowawczym i spójnym z nim programie profilaktyki oraz mają cechować środowisko szkoły - świadomie budowane przez nauczycieli i wychowawców pod kierunkiem dyrektora.
Katolicka Szkoła Podstawowa im. św. Ojca Pio oraz Katolickie Gimnazjum im. św. Ojca Pio z siedzibą w Zamościu nie posiadają własnego obwodu szkolnego, przyjmuje uczniów z obwodów innych szkół według kryteriów ustalonych na podstawie Statutu i Koncepcji Pracy Szkoły. O przyjęcie do szkoły mogą ubiegać się wszyscy uczniowie, którzy pragną w niej realizować swoją edukację i akceptują jej Statut.
Szkoły katolickie są wspólnotą wychowującą, którą tworzą nauczyciele, uczniowie i rodzice. Placówki takie kładą nacisk na dydaktykę i na wychowanie, które opiera się na wartościach religijno-patriotycznych. Już od pierwszej klasy szkoły podstawowej uczniowie zamojskich szkół katolickich podczas uroczystości Ślubowania na ucznia recytują wiersze patriotyczno-religijne. Uczniowie modlą się wraz z nauczycielami przed lekcjami i po ich zakończeniu, jak również przed rozpoczęciem ważnych spotkań, imprez oraz wycieczek szkolnych. Biorą udział w rekolekcjach adwentowych i wielkopostnych, wraz z nauczycielami wyjeżdżają na rekolekcje formacyjne.
Ważne uroczystości szkolne rozpoczynają się Mszą św. Społeczność szkolna uczestniczy w Mszach św. pierwszopiątkowych. Ważną uroczystością w szkole katolickiej jest I Komunia św. Jest ona organizowana w kościele pod wezwaniem św. Brata Alberta w ten sposób, aby uczniowie przeżywali ją wspólnie całą klasą, pomimo tego, że należą do różnych parafii w mieście. Wychowawcy klasy II wspólnie z katechetą angażują się w przygotowanie uroczystości.
Placówka kładzie nacisk na dom rodzinny ucznia. W szkole organizowane są uroczystości typowo rodzinne: Dzień Rodziny, Wieczór Kolęd i Pastorałek, spotkania opłatkowe, zabawa choinkowa, podczas których rodziny poznają się wzajemnie, wymieniają doświadczeniami, prezentują swoje talenty, integrują się. Młodsze rodzeństwo poznaje atmosferę panującą w tego typu szkole. Stało się tradycją, iż podczas uroczystości Dnia Rodziny nawiązuje się do Świętej Rodziny jako wzoru dla wszystkich rodzin.
Każdego roku obchodzony jest
Dzień Patrona Szkoły, podczas którego nauczyciele starają się przybliżyć swoim podopiecznym postać św. Ojca Pio. Uczniowie biorą udział w różnego typu konkursach (literacki, plastyczny, multimedialny). Przygotowywane są uroczyste akademie. Mając na uwadze tradycyjne polskie wychowanie staramy się kultywować postacie świętych oraz przestrzegać właściwego nazewnictwa świąt (nie Mikołajki – ale Dzień św. Mikołaja, nie wróżby andrzejkowe – ale przybliżenie postaci św. Andrzeja). Przestrzegamy przed ukrytymi współczesnymi zagrożeniami duchowymi przenikającymi do nas z filozofii dalekiego wschodu, jak również z narastającego na zachodzie neopogaństwa (Halloween, Harry Potter, Walentynki, wschodnie sztuki walki, mandale).
Szkoła posiada bibliotekę szkolną, w której odbywają się zajęcia z edukacji czytelniczej i medialnej, plastycznej oraz różne formy aktywizowania czytelnictwa: konkursy czytelnicze, wystawy książek czy wieczory literackie.
W zamojskich szkołach katolickich nauczyciele prowadzą
wiele dodatkowych zajęć, m.in. zajęcia rytmiczno-taneczne, zajęcia teatralne (też Ewangelia na scenie), kółka przedmiotowe, zajęcia z dzieckiem zdolnym, zajęcia korekcyjno-kompensacyjne.